Basrah Journal of Veterinary Research

Molecular Detection of CRISPR-Cas System in Staphylococcus epidermidis Isolated from Different Sources in Iraq

Document Type : Research Paper

Author

Thuraya Hashosh et al
https://doi.org/10.23975/bjvetr.2022.174826
Abstract
The goal of the present study was to isolate and identify (CRISPR-Cas) elements in S. epidermidis (MRSE) from 300 samples collected from various sources. Culture techniques, biochemical tests and VITEK2 system were used for confirming of Staphylococcus epidermidis isolation.  The partial sequencing of the 16s rRNA gene was evaluated and compared with those in the Gene Bank to find differences in the sequence using the BLAST tool (http://www.ncbi.nlm.nih.gov).  On the other hand, the CRISPR-Cas system was examined in all isolates of multidrug-resistant S. epidermidis in which the SECR1 and SECR2 elements were not found. The cas6 element was found in all of the tested bacterial strains. Susceptibility tests were done using the disc diffusion method after identification. Antibiotic resistance testing on S. epidermidis isolates revealed the highest percentage of multi-resistance to ampicillin, ceftriaxone, chloramphenicol, cefalexin, vancomycin, nalidixic acid at 100%. Moreover, S. epidermidis isolates showed intermediate effect against amoxillin-clavulanic acid, tobramycin, neomycin, oxacillin, tetracycline and methicillin. However, S. epidermidis isolates were found to be the most sensitive to erythromycin, norfloxacin and rifampicin. The CRISPR-Cas system can be found in S. epidermidis isolates from a variety of local sources and that the appearance of the CRISPR system in S. epidermidis isolates plays a unique role in antibiotic suitability.

Keywords

Staphylococcus epidermidis
CRISPR-Cas system
Cas 6
SECR1 and SECR2

Article Title العربیة

الکشف الجزیئی لنظام CRISPR-Cas فی المکورات العنقودیة الجلدیة المعزولة من مصادر مختلفة فی العراق.

Abstract العربیة

      هدفت الدراسة الى عزل وتوصیف نظام (CRISPR-Cas) فی epidermidis Staphylococcus المقاومة للأدویة المتعددة (MRSE) من مجموعة متنوعة من المصادر السریریة. ولتحقیق هذا الهدف، تم جمع 300 عینة من مصادر مختلفة. حیث تم استخدام تقنیات الاستزراع والاختبارات الکیمیائیة الحیویة ونظام VITEK2 لتأکید عزل المکورات العنقودیة الجلدیة. وتم تحدید التسلسل الجزئی لجین 16s rRNA ومقارنته مع تلک الموجودة فی بنک الجینات للعثور على اختلافات فی التسلسل باستخدام أداة BLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). من ناحیة أخرى، تم فحص نظام CRISPR-Cas فی جمیع عزلات S. epidermidis المقاومة للأدویة المتعددة حیث لم یتم العثور فیها على عناصر SECR1 و SECR2. تم العثور على عنصر cas6 فی جمیع السلالات البکتیریة  التی  تم  اختبارها.  تم إجراء اختبارات القابلیة باستخدام اختبار اتشار القرص بعد التشخیص. حیث کشف اختبار مقاومة المضادات الحیویة لعزلات S. epidermidis عن وجود نسبة عالیة من المقاومة المتعددة تجاه الأمبیسلین ، سیفتریاکسون  ، الکلورامفینیکول ، سیفالکسین ، فانکومایسین ، حمض النالدیکسیک وبنسبة 100٪. علاوة على ذلک، أظهرت عزلات S . epidermidis تأثیرا متوسطا ضد حمض Amoxillin-clavulanic و Tobramycin  و Neomycin و Oxacillin و Tetracycline و Methacillin.  ومع ذلک ، تم العثور على عزلات S. epidermidis کانت أکثر حساسیة للإریثرومیسین والنورفلوکساسین والریفامبیسین. وجدنا أن نظام (CRISPR-Cas) یمکن العثور علیه فی عزلات S. epidermidis من مجموعة متنوعة من المصادر المحلیة ، وأن ظهور نظام کریسبر فی عزلات S. epidermidis یمکن ان یکون له دورا فریدا فی الحساسیة تجاه المضادات الحیویة.
 

  • Receive Date 01 January 1970
  • Publish Date 01 June 2022

Home

Self Archiving Policy

Copyright Policies

Digital archiving

Open Access Statement

Authorship

Guide for Authors

Submit Manuscript

Contact Us

Journal Metric

Publication Fee