المجهر الالکترونی الناقل هو جهاز یستخدم لمشاهدة التراکیب الخلویة الداخلیة لعینات علمیة محددة وذات احجام متناهیة الصغر تتراوح من مایکرولیتر واحد الى حدود النانومیتر الواحد، لهذا یعد هذا الجهاز لة القابلیة على کشف التفاصیل الخلویة التی لا یمکن ان تکتشف بواسطة المجهر الضوئی. اما التطبیقات الطبیة للمجهر الالکترونی الناقل فانة یساعد الباحثین فی تحلیل التراکیب الشکلیة للعینات الماخوذة من الکائنات الحیة المتناهیة الصغر کالجراثیم والفیروسات، فضلا عن دراسة الجسیمات الداخلیة للعینات على مستوى صور ثلاثیة الابعاد
