Document Type : Research Paper
Authors
College of Veterinary Medicine, University of Basrah, Basrah, Iraq
Abstract
The focus of the present study was to characterize chimeric synthetic plantaricin F which naturally produced by Lactobacillus plantarum against zoonotic pathogenic bacteria Staphylococcus aureus and Escherichia coli as antibacterial peptide. The syntheticbacteriocin by bioinformatics revealed higher stability under studied parameter, hence was taken up for further investigation. The amino acids of bacteriocin from L. plantarum were analyzed by SnapGene. Further, synthetic PLNF was characterized in silico. The translated partial amino acid sequence of the synthetic PLNF gene displayed 253 amino acids for whole and 148 without tag. The predicted properties of the peptide included theoretical isoelectric point (pI) and hydrophobicity was highly acidic. Molecular weight was 27.2KDa for whole protein and 15.8 KDa for without tag. Predication the molecular approach of using SnapGene software and the protein was having antingcity against bacteria and has B-cell epitope on the surface of protein. Prediction data base on characterization of bacteriocin is novel and predicts synthetic PLNF to be a peptide responsible for antimicrobial activity. The study provides information about a broad spectrum bacteriocin in native probiotic culture and paves a way towards its application as alternative natural antimicrobial agent against zoonotic pathogenic bacteria. Finally, the 3D peptide structure analysis in present study showed that the predicted structure of model and has more functional properties and probably the form most suitable for binding to bacterial cell walls.
Keywords
Article Title [العربیة]
تحلیل السیلیکو لبروتین مهجن کمضاد بکتیری بدیل ضد البکتریا المسببة للأمراض فی الانسان و الحیوان
Abstract [العربیة]
ترکزت الدراسة الحالیة على توصیف بلانتریسین F الکیمیری الاصطناعی الذی ینتج بشکل طبیعی بواسطة Lactobacillus plantarum ضد البکتیریا المسببة للأمراض فی الانسان والحیوان: Staphylococcus aureus و Escherichia coli کببتید مضاد. أظهرت النتائج من خلال دراسة المعلوماتیة الحیویة ثباتًا أعلى للببتید مع الواسم المستخدم. تم تحلیل الأحماض الأمینیة للبکتریوسین من L. plantarum بواسطة SnapGene. علاوة على ذلک ، تم تمییز PLNF الاصطناعی فی السیلیکو. تم اجراء تسلسل للاحماض الأمینیة الجزئیة المترجمة لجین PLNF الاصطناعی،فکانت 253 حامض امینی للببتید الکامل مع الواسم و 148 حامض امینی للببتید الکامل بدون واسم . أظهرت النتائج انه ببتید شدیدة الحموضة. کان الوزن الجزیئی للبکتریوسین الکامل 27.2 کیلو دالتون مع الواسم اما بدونه فکان 15.8 کیلودلتون. یتوقع أن یکون PLNF الاصطناعی عبارة عن ببتید مسؤول عن نشاط مضاد واسع للمیکروبات. توفر هذه الدراسة معلومات حول مجموعة واسعة من البکتریوسین التی لها فعالیه حیویه ضد المیکروبات وتمهد الطریق نحو استخدام هذا الببتید کعامل طبیعی بدیل مضاد للمیکروبات ضد البکتیریا المسببة للأمراض فی الانسان والحیوان . أخیرًا ، أظهر التحلیل ثلاثی الابعاد للببتید فی دراستنا أن له خصائص وظیفیة متعدده وربما یکون الشکل الأکثر ملائمة للارتباط بجدران الخلایا البکتیریة ومن ثم تدمیرها.
Keywords [العربیة]
- بلانترسین
- العوامل المضادة للمیکروبات
- المعلوماتیة
)
