Basrah Journal of Veterinary Research

Towards the Genotyping of Fungi: Methods, Benefits and Challenges (Review )

Document Type : Review Paper

Authors

Hawraa Faisal Al-abedi 1
hawraa faisal Al-abedi 1
Semaa faisal Al-abedi 2
Ran Abd Alsalam Alanaz 3

1 Department of Biology, Collage of Education for Pure Sciences, University of Al-Hamdaniya, Al- Hamdaniya, Nineveh, Iraq

2 Department of Biology, College of Education for Pure Science, University of Al-Hamdaniya, Nineveh, Iraq.

3 Department of Biology, Collage of Education for Pure Sciences, University of Al-Hamdaniya, Al- Hamdaniya, Nineveh, Iraq.

https://doi.org/10.23975/bjvr.2026.166986.1260
Abstract
The accessibility of comprehensive fungal genomes is fast increasing, providing a thorough and precise perspective on this "kingdom." A significant scientific achievement has been attained with the open access to over 1000 fungal genomes from various species, accompanied by the launch of new and engaging projects. The “1000 Fungal Genomes Project” constitutes one of the most enormous sequencing initiatives centered on fungal organisms, aiming to tackle deficiencies in fungal genomics. Currently, 329 fungal families possess at least one sequenced representative genome; nonetheless, other fungal families remain without any sequenced genomes. Furthermore, supplementary sequencing research contributed to the comprehension of genetic diversity among certain fungal species. The existence of many genomes per species aids in taxonomic classification, affords new views on fungal evolution in quick timeframes, clarifies regional distribution and dispersal patterns, and elucidates outbreaks and transmission routes, among other objectives. Genotyping strategies analyse solely a limited phase of an individual's genome and alternatively facilitate the rapid and not pricey contrast of numerous isolates. The incorporation of comprehensive genomic approaches and enhanced genotyping panels focused on specific and pertinent SNPs and/or repetitive areas can serve as efficient and pragmatic methods for investigating the local, regional, and global epidemiology of fungus.

Keywords

Filamentous fungi
Genetic transformation
Protoplast-mediated transformation
Agrobacterium-mediated transformation
fungal biotechnology

Article Title العربیة

نحو التنميط الجيني للفطريات: الأساليب والفوائد والتحديات (مقالة)

Authors العربیة

حوراء حسب الله 1
حوراء العابدي 1
سيماء العابدي 2
ران عبد السلام 3
1 فسم علوم الحياة/كلية التربية للعلوم الصرفة/جامعة الحمدانية
2 قسم علوم الحياة/ كلية التربية للعلوم الصرفة/جامعة الحمدانية/الحمدانية /العراق/الموصل
3 قسم علوم الحياة، كلية التربية للعلوم الصرفة، جامعة الحمدانية، الحمدانية، نينوى، العراق.
Abstract العربیة

تتزايد إمكانية الوصول إلى الجينات الفطرية الشاملة بسرعة، مما يوفر منظورا شاملا ودقيقا لهذه "المملكة". تم تحقيق إنجاز علمي مهم من خلال الوصول المفتوح إلى أكثر من 1000 جينوم فطري من مختلف الأنواع، مصحوبا بإطلاق مشاريع جديدة وجذابة. يشكل "مشروع 1000 جينوم فطري" واحدة من أكثر مبادرات التسلسل ضخامة التي تركز على الكائنات الفطرية، بهدف معالجة أوجه القصور في علم الجينوم الفطري. حاليا، تمتلك 329 عائلة فطرية جينوم تمثيلي متسلسل واحد على الأقل. ومع ذلك، لا تزال العائلات الفطرية الأخرى بدون أي جينومات متسلسلة. علاوة على ذلك، ساهمت أبحاث التسلسل التكميلي في فهم التنوع الجيني بين بعض الأنواع الفطرية. يساعد وجود العديد من الجينات لكل نوع في التصنيف التصنيفي، ويوفر وجهات نظر جديدة حول تطور الفطريات في أطر زمنية سريعة، ويوضح أنماط التوزيع والتشتت الإقليمية، ويوضح تفشي المرض وطرق الانتقال، من بين أهداف أخرى. تحلل استراتيجيات التنميط الجيني مرحلة محدودة فقط من جينوم الفرد وبدلا من ذلك تسهل التباين السريع وغير الباهظ الثمن للعديد من العزلات. يمكن أن يكون دمج الأساليب الجينومية الشاملة ولجان التنميط الجيني المحسنة التي تركز على تعدد الأشكال و / أو المناطق المتكررة المحددة وذات الصلة بمثابة طرق فعالة وعملية للتحقيق في علم الأوبئة المحلي والإقليمي والعالمي للفطريات.

Keywords العربیة

الفطريات الخيطية
التحول الجيني
التحول بوساطة البروتوبلاست
التحول بوساطة البكتيريا الزراعية
التكنولوجيا الحيوية الفطرية
Basrah Journal of Veterinary Research
Volume 25, Issue 1
Winter 2026
Page 184-204

  • Receive Date 08 November 2025
  • Revise Date 10 January 2026
  • Accept Date 29 January 2026
  • Publish Date 31 March 2026

Home

Self Archiving Policy

Copyright Policies

Digital archiving

Open Access Statement

Authorship

Guide for Authors

Submit Manuscript

Contact Us

Journal Metric

Publication Fee